肺栓塞发病原因很多，且发病诱因也不仅限于乘坐飞机。此病主要由于种种原因，致使肢体很少活动，血流变缓从而导致下肢或深部静脉血栓形成。当血栓在外力等作用下脱落，脱落的栓子可顺血流入肺，堵塞肺动脉及其分支，从而形成急性肺栓塞。
肺栓塞一般被认为西方发病率高，例如美国每年有63万人发病，占心血管发病率的第三位，其中5万人因治疗不及时而死亡，病死率仅次于肿瘤、心肌梗死。我国之所以发现少，可能与我们对这个病认识不足、检查手段落后有关，有漏诊的可能。有人说，500张床位的医院，每年绝不少于3例肺栓塞，否则应怀疑有漏诊。
一位医院行政干部，常年气短，辗转多家医院，诊断为冠心病。一天午饭后，他突然晕厥，心跳呼吸停止，所幸医院近在咫尺，得以立即复苏。经诊断，该病人为复发性肺栓塞，经急诊溶栓，病人恢复良好。还有一例病人做骨折手术，术后半夜，突发气憋，随之心跳呼吸停止，抢救无效。最终证明为肺动脉骑跨血栓，双侧肺动脉栓塞。
肺栓塞绝大部分栓子来源于腿部深静脉血栓，形成腿部深静脉血栓的基本原因有血流缓慢、血液高凝状态和血管壁损伤等。
肺栓塞常见于肥胖者、老年人（尤其是高脂血症患者），长期卧床、静坐（如计算机前、麻将夜战、长途乘飞机、火车、轮船等少动者）。妊娠盆腔血管受压易于产生盆腔静脉血栓，从事各种久立职业（如外科大夫、理发师等）也易因下肢静脉曲张而增加患肺栓塞的风险。创伤、手术、慢性心肺疾病、口服避孕药，以及某些血液病等都有可能引起深部静脉血栓，并进而引发肺栓塞，危及生命。
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